企業がWebサービスを提供するということはビジネスなので、収益を上げる必要があります。その際の方法として考えられるものをリストアップしてみました。
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広告
これは基本ですね。PVを集めてそこに広告を打つ方法です。広告代理店またはダイレクト取引で出稿主を集めます。この場合、サイトにおけるターゲット層が明確になっている必要があります。（例：Yahoo、Google、mixi、各新聞社サイトなどなど）
物販（Eコマース）
これも基本的な方法です。物を売る代わりにお金をもらいます。（例：Amazon、HMVなど）
デジタルデータ販売
これはネットならではですね。ダウンロード販売や、iTMSなどです。（例：Vector、Amazon MP3、iTMSなど）
ホスティング
VPSや共用サーバ、専用サーバと言ったサービスです。これらは初期費用＋月額費用、場合によっては転送料によって構成されます。（さくらインターネット、各種ホスティングサービスなど）
プレミアム会員
これは何らかの特典をつける代わりに月額費用などでお金を徴収するサービスです。（例：ニコニコ動画、Yahooプレミアム、Napster、ぽすれん、Google Appsなど）
手数料ビジネス（マーケットプレイス）
これは利用者間で発生する取引において、一部をサービス手数料として徴収するものです。ちょっと形式は異なりますが、金融系の手数料もこの中に含んで考えていいと思います。（例：Yahoo!オークション、Amazonマーケットプレイスなど）
アフィリエイト
広告の積極的版とも言えます。広告に関連づいた情報を提供することで、広告を結果に結びつけやすくします。
ドロップシッピング
2006年くらいから登場したビジネス形態です。サービス提供側は商品を用意し、発送、収支を行います。販売は登録ユーザに任せます。アフィリエイトに似ていますが、売価が登録ユーザに任せる点が異なります。
トランザクション
利用度に応じて金額を支払う形式です。利用しなければ課金はされませんが（基本料はない）、利用すれば課金が発生します。（Amazon EC2、Amazon S3など）
SaaS
過去においてはASP型と呼ばれていた形式です。Webアプリケーション化の波をうけて、さらにWeb上で完結できる形式になってきています。（Salesforceなど）
ドネーション
Paypalなどを通じた寄付です。日本ではあまり多く見かけませんが、海外ではフリーウェア、オープンソース・ソフトウェアに対するドネーションはよく見られます。（各種ソフトウェア、Wikipediaなど）
ではこれらの中で、最もビジネスとして有効なのはどれになるでしょうか。
現状のWebビジネスにおいて、最も利用されているのは広告かと思われます。各種ポータルや検索連動型広告など、PVを収益化する動きです。そのため、サービス自体は無料で提供し、広告主からお金をもらうというのが今のWebビジネスのメインになっています。
が、この方式は過去のメディアとやり方が同じで、個人的にはあまり好きではありません。さらに問題もはらんでいます（後述）。そこで考えてみたいのがトランザクション型です。
トランザクション型の利点は、利用度に応じて課金がされる点にあります。例えば月5,000リクエストまでは無料で、そこから先は有料という形を考えてみたいと思います。スタートアップで簡易的に立ち上げた場合、5,000リクエストも発生せず、課金されずに終わるかもしれません。そしてその間に何らかの形で収益化を考えます。
トランザクションが増加すれば、何らかの形（メディアなども含め）で収益をあげ、その中から費用を支払えるようになります。収益化の目処が立てば、トランザクションを拡大していくのも問題なくなります。
提供側としても、トランザクション型であればトラフィックさえ増やせば収益化がのぞめるようになります。また、初期費用がないことによって、最初の試しができるようになり、利用への障壁も低くなります。
インターネットでの収益化＝メディア、という短絡的な結論をみることが多いのですが、広告ビジネスの場合、ユーザのニーズと広告主のニーズとですれ違いが発生し、思ったようなサービス提供ができなくなる可能性を秘めています。ユーザを見据え、ユーザのためになるサービスを提供するためには他の形式での収益化を検討するべきです。
また、いずれの形式でも言えるのは元締めが一番儲かります。そのため、マーケットプレイスを提供したり、ドロップシッピングの場を提供するのが重要です。その際に注意する点は次回に。